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生信分析入门

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问求助，生信分析怎么做呀？

loveliufudan

进行两个蛋白的生信分析需要根据具体情况选择不同的方法，以下是一些可能的方向和方法：蛋白质互作网络分析：可以通过蛋白质相互作用数据库（如STRING）或文献资料中已有的蛋白质互作信息，构建蛋白质相互作用网络，并分析两个蛋白在该网络中的位置和关系。基因表达谱分析：可以通过公共基因表达数据库（如GEO、TCGA等）或实验室自己的基因表达数据，筛选和比较两个蛋白相关的基因，进行差异分析和富集分析，了解其相

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问可以推荐一些不同代谢组学标准数据库吗？

天一湖医者

常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD、LipidBlast、KEGG和Metlin等。

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问cbioportal生信分析

loveliufudan

是的，cBioPortal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异。以下是步骤：进入 cBioPortal 的网站并选择 TCGA-UCEC 数据集。在左侧的“Quick Select”栏中，选择您感兴趣的基因名称，例如PAX8。点击“Case Sets”选项卡，选择您感兴趣的子宫内膜癌分子分型。点击“Charts”选项卡，选择您想要的表达分析类型，例如“mRNA Expression

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问求助：生物信息学分析has-miR-107的启动子甲基化情况的网址或软件名

土井挞克树

试一试这个论坛：Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org

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问TCGA数据库筛选MSI-H肿瘤样本

秋秋欣欣

在TCGA的GDC里面就可以直接搜索

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问TCGA差异基因结果与细胞qP表达结果相反怎么办

bamboopiggy

tcga比的使癌和癌旁，你细胞系怎么比？有正常和肿瘤么？当然肿瘤里面高的基因，在癌细胞中不一定高，你可以多找几个癌细胞

2 回答774 围观

问R语言列线图制作疑问

Dr_劉医生

可能是打包的数据框中个别变量（列）中有缺失值“NA”，检查一下。因为绘制列线图的打包数据框中各变量（列）中不能有缺失值，即便不用于拟合模型的变量（列）也不要有缺失值。

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问求助 R语言SurvivalROC怎么比较AUC值呀

Dr_劉医生

试试PROC包，里面有个rock. test函数，可以进行delong检验；函数代码如图，

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问中文生信哪些杂志接受

此用户已注销

有Frontiers in oncology、Genomics这两个期刊可以接受中文生信投稿，他们的文章影响因子都挺高的，审稿一般不到1个月。

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问求5分+的生信SCI方向指导

Dr_劉医生

如果有科室人群样本或基础实验取材，都可以，心血管也行；如果从公共数据库挖掘的话，推荐肿瘤和代谢组学方向

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问有没有适合新手做的生信综合实验

天一湖医者

可以尝试一下h1n1流感病毒分析.

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问#生信#RNA表达没有改变，蛋白表达却改变了

Dr_劉医生

可能存在的，比如你这个DEG的RNA稳定性差，就易出现RNA表达降低或没表达，而蛋白质表达增加的情况。

3 回答381 围观

问生信分析，时间依赖的ROC曲线结果不好

秋秋欣欣

不怎么好是，没有意义吗，别的生信数据怎么样呢，别的都不好就换基因吧

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问生信分析

huarenqiang5

富集后有上调和下调是没有什么问题的

3 回答367 围观

问求助 |生信筛选DEGs和KM曲线结果分析的相关问题

Eason老歌迷

log2FC的取值最好是一样!TCGA数据库的用log2FC大于1，GEO数据库的也用log2FC大于1。在GEPIA里面看生存曲线，有两个p值，以Logrank p为准。

1 回答272 围观

问生信结论与临床/基础实验不符合如何解释？

bamboopiggy

生信是基于RNA-SEQ的，是RNA水平的，但是你临床结果是直接看的蛋白水平的，有时候会存在转录水平和蛋白水平不一致的，以能发生疾病的蛋白水平为准。

5 回答879 围观

问生信分析中logfc阈值能小于吗？

bamboopiggy

生信中的logFC看你自己的实验目的，可以设置小于1 但是估计会滤掉好些信息

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问生信分析和meta分析有什么不同

yanlai000

生信分析是原始数据挖掘，基于高通量大数据挖掘分析，比如差异分析、富集分析、聚类分析、蛋白互做分析、预后分析等，是基础生物科研范畴，主要数据是原始芯片、测序等的高通量数据。meta分析属于文献二次挖掘，各领域都可以做，基本思路就是把别人的文章里的数据合并整理算一下总体效应量，其属于文献挖掘，举个例子:A研究了100人发现西瓜好吃，B研究了50人的结论却相反“不好吃”，C研究80人发现“不确定”，D说

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