阿缪001
求问各位大佬,cbioportal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异么?最近看的一篇文章的图,但是着实找不着怎么样操作
loveliufudan
是的,cBioPortal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异。以下是步骤:
进入 cBioPortal 的网站并选择 TCGA-UCEC 数据集。
在左侧的“Quick Select”栏中,选择您感兴趣的基因名称,例如PAX8。
点击“Case Sets”选项卡,选择您感兴趣的子宫内膜癌分子分型。
点击“Charts”选项卡,选择您想要的表达分析类型,例如“mRNA Expression Z-Scores (RNA Seq V2 RSEM)”或“Copy Number Alterations”。
点击“Submit”按钮,即可生成您感兴趣的基因在所选分型中的表达分析图表。
在图表中,您可以看到该基因在每个分型中的表达量或拷贝数,以及相应的样本数量和表达统计学分析结果。根据这些信息,您可以比较不同分型中该基因的表达水平,并推断其在癌症进展和发展中的潜在作用。
毛利小五郎的徒弟
cbioportal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异,需要多样本导入后进行定位分析。
sswei
cBioPortal,它提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,无需编程,通过简单的筛选点击就能分析各种肿瘤中基因的突变以及表达情况。
操作如下:
1 首先我们打开cbioportal。可以勾选所有的肿瘤,也可以选择你关注的肿瘤。
2. 接下来输入你要查看的基因,你可以输入多个基因,多个基因之间用空格隔开。文中输入疾病,系统自动检测提示为疾病。然后点击“Submit”
3. 稍等片刻,出来的结果中显示了多个疾病标本研究中的信息,可以看出在这一疾病中接近80%的存在突变:
4. 还可以看突变的位点
5. 表达水平
出现图中的不同颜色圆点代表的意思
6. 在cBioProtal中还提供了一些其他工具,如Oncoprinter, 可以根据自定的数据来展示信息。
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