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cbioportal生信分析

相关实验:YAC 克隆的分析实验

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阿缪001

求问各位大佬,cbioportal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异么?最近看的一篇文章的图,但是着实找不着怎么样操作

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3 个回答

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loveliufudan

有帮助

是的,cBioPortal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异。以下是步骤:

进入 cBioPortal 的网站并选择 TCGA-UCEC 数据集。

在左侧的“Quick Select”栏中,选择您感兴趣的基因名称,例如PAX8。

点击“Case Sets”选项卡,选择您感兴趣的子宫内膜癌分子分型。

点击“Charts”选项卡,选择您想要的表达分析类型,例如“mRNA Expression Z-Scores (RNA Seq V2 RSEM)”或“Copy Number Alterations”。

点击“Submit”按钮,即可生成您感兴趣的基因在所选分型中的表达分析图表。

在图表中,您可以看到该基因在每个分型中的表达量或拷贝数,以及相应的样本数量和表达统计学分析结果。根据这些信息,您可以比较不同分型中该基因的表达水平,并推断其在癌症进展和发展中的潜在作用。

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土井挞克树

有帮助

cbioportal可以分析某基因在不同子宫内膜癌分子分型中的表达差异,需要多样本导入后进行定位分析。

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sswei

有帮助

cBioPortal,它提供了研究分析癌症基因数据的可视化工具,无需编程,通过简单的筛选点击就能分析各种肿瘤中基因的突变以及表达情况。

操作如下:

1 首先我们打开cbioportal。可以勾选所有的肿瘤,也可以选择你关注的肿瘤。

2. 接下来输入你要查看的基因,你可以输入多个基因,多个基因之间用空格隔开。文中输入疾病,系统自动检测提示为疾病。然后点击“Submit”

3. 稍等片刻,出来的结果中显示了多个疾病标本研究中的信息,可以看出在这一疾病中接近80%的存在突变:

4. 还可以看突变的位点

5. 表达水平

出现图中的不同颜色圆点代表的意思

6. 在cBioProtal中还提供了一些其他工具,如Oncoprinter, 可以根据自定的数据来展示信息。

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