TCGA数据库筛选MSI-H肿瘤样本

在TCGA的GDC里面就可以直接搜索

1、从TCGA数据库下载要研究的癌种的基因、miRNA表达数据。

2、分别针对基因、miRNA进行表达差异分析。

3、分别针对基因和miRNA进行WGCNA分析，获得聚类模块。并分析与病理学分期相关联的基因模块。

4、验证基因模块与临床特征相关的基因。

5、选择模块中的hub gene和hub miRNA进行生存分析。

6、从病理分期相关联的模块中验证的基因和miRNA做代谢通路分析，构建miRNA-基因的调控网络。

你需要先确定想筛的是那种肿瘤株，MSI-H肿瘤涵盖的肿瘤类别很多，而TCGA是以肿瘤分类的临床信息为主的