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利用启动子探针载体筛选启动子
启动子探针型载体是一种有效、经济、快速分离基因启动子的工具型载体,包含2个基本部分:转化单元和检测单元。其中,转化单元含复制起点和抗生素抗性基因,用于选择被转化的细胞;检测单元则包括1个已失去转录功能且易于检测的遗传标记基因以及克隆位点。
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要克隆基因的启动子,可以按照以下步骤进行:
设计引物:根据目标基因的序列,设计引物用于扩增启动子区域。引物应包含与目标启动子序列互补的片段。
DNA提取:从目标生物体的基因组DNA中提取目标基因的DNA。可以使用商业DNA提取试剂盒或自行制备。
PCR扩增:使用设计好的引物进行PCR扩增,将目标基因的启动子扩增出来。反应体系中需要包含DNA模板、引物、dNTPs(脱氧核苷酸三磷酸盐)、聚合酶和缓冲液。
凝胶电泳:将PCR产物与DNA分子量标记物一同进行凝胶电泳,以确认目标启动子的扩增成功与否。
PCR产物纯化:使用商业净化试剂盒,将PCR产物纯化,去除杂质。
克隆:将纯化后的PCR产物连接到适当的载体上,如质粒或噬菌体。可以使用限制性内切酶和DNA连接酶来进行连接。
转化宿主细胞:将连接好的载体转化到宿主细胞中,如大肠杆菌。可以使用热激转化或电转化等方法。
筛选:在含有适当选择抗生素的培养基上培养转化后的细胞,筛选出带有目标启动子的克隆。
验证:通过测序方法验证克隆是否成功,同时也需要进行进一步的功能鉴定和分析。
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搬掉生物这块砖
根据发表的基因组序列,找基因ATG前2000bp,设计引物,使用物种基因组DNA为模板,PCR
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可以利用启动子探针载体克隆启动子
具体的过程为
先选用1种适当的限制性核酸内切酶消化切割染色体DNA,然后将切割产生的DNA限制片段群体与无启动子的探针质粒载体重组,并按照设计的要求使克隆的片段恰好插在紧邻报告基因的上游位置;随后再把重组混合物转化给寄主细胞,构建质粒载体基因文库,并检测报告基因的表达活性。
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可以利用PCR技术克隆启动子。
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克隆一个已知基因的启动子:
首先,你需要自己做一个genomic walking的模板(基本原理为:抽提该物种的DNA,DNA的质量必须保证无杂质,纯度、浓度高;根据物种的不同,分别用3-5种限制性内切酶酶切DNA,酶切过后加相应的接头,平末端链接,这样一套模板就算完成);
设计引物,在目的基因的5‘UTR设计一对往上游扩增的槽式引物(GC含量、Tm值尽量高,66度往上);
PCR克隆,根据自己合成的槽式引物和genomic walking的模板末端加上的接头序列,PCR(一般都是用Touch DownPCR,根据槽式引物,扩增两轮,第二轮是以第一轮的PCR产物为模板);
点样检测,挖胶回收特异的条带;
TA克隆,选择阳性克隆测序.
一般启动子的长度超过1K就可以了.一次长度不够,可以根据测出来的序列再次设计引物往上游扩增.
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利用PCR技术克隆启动子即根据发表的基因序列,设计引物,克隆基因的启动子,由于PCR法简便快捷,近年来人们较多采用此方法克隆基因启动子。
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将基因的启动子区域克隆下来的基本步骤如下:
1. 提取包含目标基因及其启动子区域的基因组DNA。
2. 根据目标基因的序列,设计启动子区域上的引物。需要考虑启动子长度,通常200-1000bp。
3. 用设计的引物进行PCR扩增目标启动子序列。
4. 将PCR产物进行凝胶电泳检验,提取目标条带。
5. 将提取的启动子片段与载体质粒进行连接反应。常用的载体质粒有pMD18-T简单克隆载体等。
6. 将连有启动子的重组载体转化入大肠杆菌等受体细胞。
7. 通过蓝白筛选、PCR或测序鉴定提取所得重组克隆。
8. 得到正确的重组载体后,可大量扩增提取启动子插入片段。
9. 最后可进行启动子的功能验证,如驱动报告基因表达等。
通过这样的分子克隆流程,就可以从基因组中准确获得启动子序列并进行保存、扩增和功能分析。需要注意引物设计、目标条带切胶提纯等关键步骤。
秋秋欣欣
可以利用启动子探针筛选启动子进行克隆