请问测序结果比对都要看哪些呀

测序结果需要看：

QV：碱基的质量值(Quality Value，QV)用于量化评估该碱基的可信度，由序列分析程序根据该碱基的峰形计算得出。QV值越高，误差率越低。

QS：测序结果的序列质量得分(Quality Score, QS)是序列中所有碱基质量值(Quality Value)的平均值，用于判断测序结果整体的可信度。

CRL：序列连续读长(Contiguous Read Length，CRL)。即整个序列中，各个碱基质量值均大于20(可信度大于99%)的片段里，最长片段的长度。

将测序结果的碱基序列和原本的序列进行比对，看两者是否一致

测序结果的分析测序都是从5端进行的，正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序，通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。

以下是比对测序结果时需要考虑的几个方面：

1. 比对算法：选择适合你的数据类型和实验目的的比对算法。常见的比对算法包括Bowtie、BWA、BLAST等。

2. 参考序列：选择一个与你的样品相关的参考序列，这可以是一个已知的基因组、转录组、参考序列数据库等。

3. 比对质量评估：检查比对的质量评估指标，例如比对率（alignment rate）、覆盖度（coverage）、平均深度（average depth）等。这些指标可以帮助评估比对的可靠性和数据的质量。

4. 变异检测：根据比对结果，可以进一步进行变异检测和分析。这包括单核苷酸多态性（SNP）、插入/缺失（indels）、结构变异（structural variants）等的检测和注释。

5. 数据可视化：将比对结果可视化可以帮助你更好地理解数据。常见的可视化工具包括IGV、UCSC Genome Browser等，它们可以帮助你查看比对情况、基因结构、变异位点等。

1.寻找引物

相关网站上下载软件比对，去除引物序列，找到目的片段。

在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上（一个不变，一个反向互补），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界线，去除前面的；下有一最后一个为分界线，去除后面的，剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK。

批注：PCR产物进行测序的结果可能不包含引物序列

2.将找到的对应目的片段转成.txt格式

3.下载BioEdit软件

第一：打开Bioedit软件，导入拼接好的样品序列与标准亚型参考序列

File—New Alignment—Sequence—New Sequence—导入拼接好的样品序列和标准参考序列（从TEXT文档利用复制粘贴工具）—Apply and close —保存结果—关闭窗口

第二：点击菜单栏上按钮“Accessory Application”，选择“Clustalw Multiple Alignment”

　File—Open—Accessory Application—Clustalw Multiple Alignment

　第三：比对结束后，删除比对序列两端的多余序列，使所有序列等长

选择需编辑的序列—Sequence—Edit Sequence—进行序列的编辑—保存修改后结果

　　第四：选择“Sequence”菜单下“Gaps”，点击“Lock Gaps”

　　第五：将比对后的序列保存为Fasta 格式文档

　　4.下载MAGE4.0软件

　　1) 打开MEGA软件，选择“File”菜单栏中的“Convert To MEGA Format”，把序列文件的格式转换为meg文档保存；

　　2) 双击序列的meg文档，选择“Nucleotide Sequences”，点击“OK”；

　　3) 程序运行中询问是否为蛋白编码序列，选择“NO”；

　　4) 在MEGA操作界面选择“Phylogeny”菜单栏下“Bootstrap Test of Phylogeny”中的“Neibour-Joining”；

　　5) 选择“Test of Phylogeny”栏中“Bootsrap”，“Replications”设定为1 000；在“Options Summary”栏中的“Model”项中，设定参数为“Kimura 2-Paramete”r，最后选择“Compute”；

　　6) 将分析结果采用Los Alamos HIV序列库提供的HIV-BLAST和Subtyping工具进行验证