PCR产物跑胶显示条带大小远低于预测大小是什么情况

引物特异性不好或者模板不纯都有可能

会不会是引物二聚体的带子？可以做个touchdown试试。

目的条带没p出来，可以重新设计引物或者做个退火温度的梯度。

如果您在PCR反应中对目的基因进行了多次尝试，但其中一个2040bp基因的PCR产物显示很短的条带，另一个1100bp基因没有出现任何条带，可能存在以下几种情况：

1. 引物设计问题：请确保所使用的引物序列与目的基因序列完全匹配，并且引物之间没有任何互相补充配对。引物序列的选择和设计是PCR反应成功的重要因素。

2. PCR条件优化：尝试优化PCR反应条件，包括调整退火温度、延长延伸时间和优化引物浓度，以确保特定目的基因可以被有效扩增。

3. 目的基因的特殊性质：某些基因具有较高的GC含量、结构特异性或其他复杂性，可能需要特殊的PCR条件或方法来成功扩增。考虑使用特殊的缓冲液、酶或添加剂，如DMSO或betaine，以优化PCR反应。

4. 质粒与目的基因的相容性：确保所选择的质粒与目的基因相容，并且连接试剂盒的设计适用于您的目的。确保连接试剂盒中所使用的引物和酶可以正确地连接您的目的基因和质粒。

如果您已经尝试了多次PCR反应，而两个目的基因仍未成功扩增，建议检查和重新评估引物设计、PCR条件和连接试剂盒的使用方法。