PCR产物胶回收后仍有杂带是怎么回事

是不是你切胶的时候没有切干净把杂带也裁进去了

1.引物用量偏大，引物的特异性不高。应调换引物或降低引物的使用量。

2.循环的次数过多。适当增加模板的量，减少循环次数。

3.酶的用量偏高或酶的质量不好，应降低酶量或调换另一来源的酶。

4.退火温度偏低，退火及延伸时间偏长。应提高退火温度，减少变性与延伸时间，也可采用二种温度的 PCR 扩增。以 2 度为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

5.样品处理不当。

6.Mg2+ 浓度偏高，因适当调整 Mg2+ 使用浓度。

考虑以下原因:

1、没切干净。

2、可能之前跑PCR就存在非特异性扩增。

解决办法:

1、切胶的电泳缓冲液尽量换成新的，干净的。

2、PCR体系加大，电泳上样多一点;跑胶时间久一点，尽量拉开。

3、在胶回收验证的基础上再进行切胶，去掉不要的条带，回收。

扩增时出现非特异性条带，那么在胶回收时切胶很重要，切胶时尽量选择目的基因条带，可以将目的基因所在的胶的边缘弃去一些，尽量不要切上含有非特异性带的胶。

如果在PCR产物胶回收后仍然存在杂带，可能有以下几个可能的原因：

1. 未完全净化：胶回收过程中可能未能完全去除琼脂糖胶、引物、酶或其他杂质。这些残留物可能导致胶回收产物中出现杂带。确保在胶回收过程中使用高质量的胶回收试剂盒，并按照厂商的推荐操作步骤进行净化。

2. 附着的胶：在胶回收过程中，PCR产物可能与琼脂糖胶结合得很紧密，无法完全析出。这可能是由于PCR产物的特性、胶回收试剂的效果或操作步骤不当所致。尝试使用不同的胶回收试剂或优化操作步骤，以帮助减少附着的胶。

3. 异源污染：在PCR产物回收过程中，可能存在外源DNA的污染。这可能来自其他样品、试剂或实验室环境中的DNA。确保在实验过程中进行无菌操作，并在胶回收过程中尽量减少外源DNA的污染。

4. 异常扩增产物：PCR反应中可能存在非特异性扩增产物，其中一些可能与所需产物相似，导致在胶回收后出现杂带。优化PCR反应条件、重新设计引物或调整引物浓度，以增强特异性扩增并减少非特异性产物的生成。

5. 重组事件：在PCR反应中可能发生了重组事件，导致产生意外的DNA片段。这些重组事件可能与模板DNA的结构、引物的特性或PCR条件有关。优化PCR反应条件、验证引物设计和检查模板DNA的完整性，可以帮助减少重组事件的发生。