某个氨基酸缺失对蛋白功能影响可以用什么软件预测下致病性

可用NCBI的子程序预测蛋白结构，还有UniProt、SWISS、 STRING、ProtParam等数据库都可以试试。

有好多，你直接网上搜就可以，我用过polyphen-2 可以直接给评分说明恶性程度。

对序列分析的DNAStar，构效关系的COFMA，免费的分子对接的Autodock等都是可以选择的，具体的每个软件网上都有教程，可以搜索一下。