杂合性缺失

染色体缺失见于一些遗传病和肿瘤疾病。对于有明显染色体缺失的疾病如迪格奥尔格综合征DiGeorge syndrome)、猫叫综合征等，可以在细胞遗传学上检测到明显的染色体缺失。通过对该区域的高分辨率DNA多态性标记在大量样本上进行分析，往往可以找到患者共同缺失的最窄的片段，进一步分析时就可以直接从这一区域人手。

长期的细胞遗传学研究证实，几乎所有的肿瘤细胞都存在染色体片段的非随机性丢失，也就是说这些丢失的片段中可能含有某些与肿瘤相关的基因，这就是所谓杂合性缺失(loss of heterozygosity LOH)，即一个位点上两个多态性的等位基因之一的丢失，在肿瘤细胞中另一个等位基因突变失活。

LOH是肿瘤细胞一种非常常见的遗传学改变，往往涉及抑癌基因突变。

杂合性缺失事实上隶属于比较基因组杂交范畴，除了应用高密度的DNA芯片进行LOH检测外，目前LOH仍主要是采用微卫星标记。利用微卫星标记定位LOH，整个操作过程与上述的全基因组扫描相似。

这些微卫星引物均标记有荧光素，经PCR扩增后(以自身的正常组织作为对照，通常采用外周血)，其产物用ABI和MegaBACE等测序仪电泳，并经软件处理，根据癌组织和正常组织的基因型判断是否有缺失。

若正常组织是杂合子，而癌组织是纯合子，表示该微卫星位点所在的染色体区段在癌组织中发生缺失(图1―5)。对于纯合子者，无法判断是否有缺失。

初步确定缺失区域后，通过进一步加密该区域内的多态标记继续进行分析，往往可以找到患者共同缺失的最窄片段，进一步分析时就可以直接从这一区域人手。可直接对该区域内的候选基因进行体细胞突变检测或甲基化分析，筛选抑癌基因。

由于利用微卫星标记无法准确定位纯合缺失区域及存在假阳性等问题，DNA芯片等高分辨率技术正逐渐取代微卫星标记成为LOH研究的主流技术。

相比于微卫星标记，高密度SNP芯片更为有效可靠，能检测出微卫星等其他技术不能发现的更小的缺失区域，并且纯合缺失准确率高。上述用于CGH高解析度的DNA芯片均能用于LOH研究。