【求助】杂合性缺失检测中微卫星多态性位点的选择
丁香园论坛
2402
各位大侠，小弟目前想做一个抑癌基因的杂合性缺失状况，看了很多文献采用微卫星多态性位点的方法来检测，请问如何选择这些微卫星位点呢？有软件么？谢谢！
续：
能否选取位于这个基因上的SNP位点来确定LOH呢？就用一般SNP分型的方法可以么？
如果可以，需要选取多少个SNP位点呢？
不胜感激！
能否选取位于这个基因上的SNP位点来确定LOH呢？就用一般SNP分型的方法可以么？
如果可以，需要选取多少个SNP位点呢？
不胜感激！
高手们支招啊…………
See the reference:
http://cancerres.aacrjournals.org/cgi/content/abstract/60/14/3884
http://cancerres.aacrjournals.org/cgi/content/abstract/60/14/3884
谢谢freecell战友
应该是都可以的，在这个区域内多选择几个STR标记进行分型，通过对照组织（父母样本或是正常组织）进行分型，可以看到多个marker的纯合。当然如果做SNP分型比较方便的话当然最好了，snp的密度可以做得高一些。
xcq1127 wrote:
应该是都可以的，在这个区域内多选择几个STR标记进行分型，通过对照组织（父母样本或是正常组织）进行分型，可以看到多个marker的纯合。当然如果做SNP分型比较方便的话当然最好了，snp的密度可以做得高一些。
我想两个都做，然后相互验证，可以么？
STR标记如何选择？我看文献里面的有的选择的离目的基因N远，不知道有没一些限制条件？
SNP分型的话可以直接用ABI的Taqman分型试剂盒来做么？
谢谢。
STR应该是比较近的好，而且是数量多一点的好。SNP分型方法无所谓的，只要能分型就好，Taqman很好，不过做的点多了的话很耗钱的，因为可能需要要做很多个SNP通过连续多个SNP的纯合才能判断一个区域的杂合性缺失。看你需要做多少个样本。经费可行的话可以直接做芯片，或是定制芯片。根据不同的芯片种类，费用在1500-3000RMB每样本左右。
xcq1127 wrote:
STR应该是比较近的好，而且是数量多一点的好。SNP分型方法无所谓的，只要能分型就好，Taqman很好，不过做的点多了的话很耗钱的，因为可能需要要做很多个SNP通过连续多个SNP的纯合才能判断一个区域的杂合性缺失。看你需要做多少个样本。经费可行的话可以直接做芯片，或是定制芯片。根据不同的芯片种类，费用在1500-3000RMB每样本左右。
谢谢xcq1127战友，我查了我这个基因，近的STR好像不多，只能选较近的上下游的两个了，然后同时再选SNP，你看行么？芯片的话还是适用于较长片段LOH把？
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