为什么不能用质粒DNA来提取基因组DNA？

不能混用，因为两者原理不同：

1，质粒抽提
　质粒抽提通常用的是碱裂解法，Solution I一般都是用来重悬菌液的，会加入RNase I，降解掉里面大肠杆菌的RNA。同时里面还会用Tris-HCl体系来维持一个pH，另外会加入较大量的EDTA，去螯合掉里面的二价金属离子，使菌体本身的DNase失活。Solution II，一般来说主要成分有两个，就是NaOH和SDS，NaOH主要是用于破坏细胞膜结构，强碱条件下，菌体的细胞壁结构，细胞的磷脂双子分层和微囊结构的构相都会发生变化。而SDS在这里主要并不是起到裂解蛋白的作用，而是结合氨基酸，一般两个氨基酸可以结合一个SDS分子。菌体裂解后，其实小片段的质粒已经释放出来了，而大片段的基因组DNA还结合在蛋白质上。
Solution III的主要成分是醋酸钾/醋酸缓冲液。首先长时间强碱环境下，DNA会断裂，所以需要醋酸进行中和。而钾离子可以与SDS产生沉淀反应，是可溶于水的十二烷基磺酸钠变成不溶于水的十二烷基磺酸钾。这样结合蛋白的SDS就被沉淀下来，同样基因组DNA也被沉淀下来。用硅胶吸附释放在上清里的质粒，或者用无水乙醇对上清进行沉淀，即可得到质粒DNA。
基因组DNA抽提
首先是裂解，用离子型的蛋白变性剂：CTAB或者SDS对细胞进行裂解（加不加蛋白酶K其实并不太要紧），破膜的同时使得DNA从蛋白上解离下来。加入高盐溶液使蛋白质沉淀。然后用酚仿，使蛋白质沉淀变性在水相油相间，并分离出的可溶性蛋白。上清用异丙醇将DNA沉淀下来，同时低温加入一定量的一价阳离子，可加速DNA沉淀。

质粒DNA的提取比基因组DNA提取更复杂一些，因为要在提取的过程中避免基因组DNA的污染。如果质粒DNA要用于转染（transfection）或者离子交换（anionexchange），质粒还需要额外处理。

基因组DNA的抽提，一般不会用到质粒抽提的试剂盒，原因是由于两者的原理完全不同