iTRAQ/TMT和Label-free技术都有哪些优缺点？

iTRAQ/TMT和Label-free都是蛋白质组学研究中常用的定量技术,它们各有优缺点:

iTRAQ/TMT的优点:

1. 可以在同一实验中标记和定量多个样本,提高实验效率。

2. 标记后样本混合检测,有利于减少技术误差。

3. 标记反应简便,易于操作。

4. 标记覆盖面广,可以定量绝大部分肽段。

iTRAQ/TMT的缺点:

1. 需要额外的标记实验步骤,增加实验复杂度。

2. 标记试剂价格较高,会增加实验成本。

3. 标记物会影响碎裂模式,使数据分析更复杂。

Label-free的优点:

1. 不需要额外标记,操作简便。

2. 可以进行高补全比定量。

3. 价格低廉。

Label-free的缺点:

1. 需要分样分别检测,技术误差较大。

2. 定量覆盖范围有限,仅可以定量在各样本中都检测到的肽段。

3. 需要复杂的生物信息学分析。

4. 对仪器稳定性和精度要求较高。

根据研究需要选择适合的方法,充分发挥其优势,弥补不足。

（1）定量准确性： iTRAQ/TMT的定量准确性和重现性要明显优于Label-free， Label-free的样本之间不能直接混合，导致定量的结果受到的影响因素多，因此定量结果的准确度较低；

（2）鉴定通量：Label-free通量相对较高，而iTRAQ/TMT由于标记基团的影响，鉴定通量较label-free低；

Label Free优点

（1）不需要对蛋白质进行标签标记，样品前处理程序简单；

（2）实验成本较低，投入产出比较高；

（3）不受样本限制，且通量相对较高；

（4）可鉴定泛素化修饰定量组学。

Label Free缺点

（1）样本之间不能直接混合，可能造成富集不平行，质谱重复性低，导致定量的结果准确性较低；

（2）需要对原始数据进行复杂的预处理才能提取离子信号强度信息。

iTRAQ优点

（1）修饰肽段的富集是各组标记、混合后同时进行的，数据重现性好，灵敏度高，定量结果较准确；

（2）对样品要求量低，且不受样品来源限制。

iTRAQ缺点

（1）需要使用同位素标签，实验成本较高；

（2）通量较Label Free 低，一次性最多只能检测10种样品；

（3）在标记过程中可能会引起蛋白结构变化，产生相应的实验误差。