叶绿体基因组分析流程是什么？

叶绿体基因组分析流程可参考下表

可以参考一下这篇文献《一种简便、高效且通用的植物叶绿体基因组测序方法与流程》。

1、浅层基因组数据评估及过滤

2、叶绿体基因组组装及组装后的校正

3、 叶绿体基因组注释及上传

4、 叶绿体基因组比较分析

1. 各分区边界比较（IRScope）

2. 叶绿体基因组全局比较（mVISTA）及线性区块比较（Mauve）

3. 查找高变区（DnaSP v.5）

4. 重复序列鉴定包括SSR及散在重复序列（Tandem Repeat Finder、REPuter）

5、基于基因组构建系统树

1. 叶绿体基因组CDS提取（Phylosuite）

2. 最大似然树（Iqtree）、贝叶斯树（Mrbayes）构建