6.5%的EMSA 胶为什么100V跑一个半小时才能跑到1/2，理论上不应该半小时就跑到吗

可能是电泳环境的问题，一般电泳大约50-60min，可以根据实际情况调整电泳时间及电压，而且电泳时间不宜过长

电泳液的pH偏低，严格来说是氯离子含量过高，结果就是电流低+小分子条带分不开。还有就是电泳液用时间长了跑胶就慢。