为什么我的qPCR结果内参和目的基因的ct值都很高？

我的样本是小鼠空回肠，放在-80四个多月了，期间偶尔被拿出冻融过。用nanodrop测提完的RNA的A260/280在2.0-2.04之间，A260/230在2.27-2.35之间。跑的是384孔板，目的基因为肠屏障相关，包括occludin，claudin，zo1，defensin，muc2，lysozyme。ct值都基本在28-36，内参比目的基因低一点。分为两组，一组是对照组，另一组前期经过营养物质干预。试的几个细胞因子，有IFNY、IL4、IL17、TNFa都扩增不出来。而且组内差异也特别大。对照组数据处理后，2^（-△△ct)的平均值不是大于1，甚至接近2。是我的样本的问题吗？是因为提取过程中RNA降解了吗？