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目的基因片段电泳鉴定无结果是为什么?

相关实验:逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR,rtpcr)

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anfeng6

首先希望得到高手的帮助: 第一次,我在上海生工做了我在文献上看到的DKK-1的引物,做RT-PCR,电泳无条带显示,B-actin内参有表达。后我让GeneCopoeia设计了DKK-1(Dickkopf-1)的引物,同时他们公司还有阳性对照的cDNA,后同样RT-PCR,电泳无结果显示(包括阳性对照的cDNA)。在这期间,Tm十二个梯度,PCR体系,MIX都试过。每次显示就无目的基因片段表达。谢谢实验高手的回复。
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2 个回答

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hl16010921

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1.先对比引物序列,看序列是否真的评分很高(文献的也要自己重新查,文献审稿时引物错误是没人挑的)2.引物质量很重要,PCR不出结果,可以不付帐。换一家试试。有的公司引物合成时好时坏。3.引物的保存不当。4.PCR体系中有强的抑制Taq的物质(抽提污染或水的质量不高)5.是否有引物二聚体?有的话证明PCR还在进行,但条件不好。如果没有证明PCR没进行。6.dNTP降解也有可能。7。ULYSSEESWB说的很对可以试试touchdown,但根本没有带是不行的。PCR仪的问题或电泳的问题要排除。8.模板有问题也是可能的。逆转录PCR的引物尽量接近寡聚a的尾巴,不要离尾巴超过1500bp(有些逆转录酶能超过2500bp,但1500bp比较保险些,如能1000bp以内最好)。至于阳性对照未出,比较诡异(不排除公司的阳性模板有问题)
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ULYSSEESWB

有帮助
首先,是模板质量,B-actin丰度高很容易扩增,如果你目的基因丰度低或很长,反转出来的cDNA含有目的片段很少甚至残缺,导致无法有效扩增出目的片段,所以模板质量很关键。第二,“电泳无结果显示(包括阳性对照的cDNA)”,阳性对照cDNA不是质粒吧?如果模板是质粒都扩不出来,那就有点过了。。。常规建议看新的文献查引物(别看中文的),提高反转质量,降低Tm(45),有很多杂带用touchdown。非常规建议,换个PCR仪,换个人做试试。。。
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