测序结果为什么看不到我克隆的酶切位点？

测序引物距离你的酶切位点有多长？如果引物到酶切位点过近或太远都测不到的。一条引物测序结果可信长度就700-800bp，要不换条引物试试。

如果用的是同源重组法构载，看不到酶切位点是正常的，因为在线性化载体的过程中所选的酶切位点就被破坏掉了

可能发生了突变，或者验证出现了假阳性，引物特异性不足。

要么是你的引物位置不对，要不然就是发生了重组

你在给公司测序引物的时候可以距离目的片段远一点，测序结果前面一段不太准确，可能看不见目的基因起始片段序列。

这要看你把测序引物放到了什么地方。如果测序引物离你的酶切位点在70-80bp之间。可能看不到，因为一般认为测序开始的那70-80个碱基是不准的

可能是克隆的酶切位点距离测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到酶切位点。应当尽量选择距离酶切位点远点的引物。另外，样品出现意外原因，如空载、载体自连等，克隆的酶切位点也是看不到的。

克隆的酶切位点距离您的测序引物太近, 开 始一段序列很杂, 几乎难以 辨别, 有可能看不清或看不到酶切位点。