如何提高PCR扩增的保真性
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下游应用为基因筛选、测序、突变检测和分子诊断等等的用户,对PCR保真性要求很高。
降低PCR扩增的错误率可以通过使用各种具有高保真性的DNA聚合酶来实现。
DNA聚合酶的保真度用错误率来表示,包括碱基错配率、PCR产物突变百分数等。
在目前已发现的所有耐高温DNA 聚合酶中,Pfu酶的出错率最低,保真度最高(见附表)。
除对酶进行选择,研究者也可通过优化反应条件来进一步减少PCR突变率,包括优化缓冲液组成、耐热聚合酶的浓度及对PCR循环条件进行优化等。
附表: DNA聚合酶的扩增错误率
耐热DNA聚合酶 | 碱基错配率 | ★PCR产物突变百分数(%) |
Pfu DNA Polymerase | 1.3×10-6 | 2.6 |
Taq DNA Polymerase | 8.0×10-6 | 16.0 |
VentR ® DNA Polymerase | 2.8×10-6 | 5.6 |
Deep VentR ® DNA Polymerase | 2.7×10-6 | 5.4 |
Tfl DNA Polymerase | 8.3×10-6 | 16.6 |
Tbr DNA Polymerase | 9.5×10-6 | 19.0 |
ΜlTmaTM DNA Polymerase | 55.3×10-6 | 110.6 |
★ 应用lacI分析,对lacI目标基因进行扩增和克隆,检测PCR产物突变百分数,从而测定DNA聚合酶错误率