抗原肽锚着残基和MHC分子接纳抗原肽共用基序
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抗原肽的锚着残基和 MHC 分子接纳抗原肽的共用基序
抗原肽一般含有2个或2个以上与某个特定MHC分子结合的部位，称为锚着位(anchorposition)，位于该部位上的氨基酸则称为锚着残基。这些锚着残基插入MHC分子抗原结合槽的小袋中，通过氢键与MHC分子相结合。抗原肽中间部位一般均有一定程度的隆起，可作为T细胞表位供TCR识别。
与同一型别MHC分子相结合的不同抗原肽，其锚着位和锚着残基往往相同或相似。进入H-2Kd等位基因分子凹槽中的9肽均有2个相同的锚着位(第2、第9位)，其第2位皆为酪氨酸(Y)，是为相同；第9位锚着残基为同属疏水氨基酸的缬氨酸(V)、异亮氨酸(1)、亮氨酸(L)，是为相似。上述现象表明，H-2Kd分子所接纳的抗原肽有一个特征性的共用基序(consensusmotif)，即x-Y-x-x-x-x-x-x-V／L(式中Y和V／L为进入第2和第9个小袋的锚着残基，而x为任意氨基酸)。表中还显示，与H-2Kb等位基因分子结合的皆为8肽，也有2个锚着位，第5位皆为芳香族的酪氨酸(Y)和苯丙氨酸(F)，而第8位皆为亮氨酸(1)。因而这些肽段具有的共同基序是x-x-x-x-Y／F-x-x-L。这表明，抗原肽进入不同的MHCI类等位基因分子的抗原结合槽，可以显示不同的锚着位和锚着残基。
近年来用M13肽展示文库和随机合成肽文库等确定了许多MHCⅡ类分子结合抗原肽基序，发现情况比较复杂，但这些肽的某些位置也显示特定锚着残基。通常P1位为芳香族或脂肪族氨基酸，与Ⅱ类分子具有较高亲和力，其他锚着位为相对必需。与此同时，还发现抗原肽的某些锚着位具有抑制肽结合的特性，相应的氨基酸残基称为抑制性残基，并呈现位置和等位墓因特异性。因此，某一抗原肽与某一特定MHCⅡ类分子的结合是抗原肽与结合槽氨基酸残基之间的相互吸引和排斥的结果。
举例说明了人类MHCI类、Ⅱ类等位基因分子HLA―undefined0201和HLA―DRBundefined0405结合抗原肽的特点。对I类分子，情况和小鼠H-2Kd接纳抗原肽的情况十分相似，undefined020t以第2、第9位为锚着位。图下方为DRBundefined0405接纳抗原肽的格局。
各种天然抗原肽借助特定锚着残基和不同的HLA等位基因分子结合
