PDB序列氨基酸残基和末端修饰

lol，如果二楼可以的话，您也可以参考一下这个帖子：https://www.novopro.cn/articles/201804241174.html

参考下这个吧，https://baijiahao.baidu.com/s?id=1688592417383577665&wfr=spider&for=pc&searchword=PDB%E5%BA%8F%E5%88%97%E6%B0%A8%E5%9F%BA%E9%85%B8%E6%AE%8B%E5%9F%BA

有很多软件都可以把pdb文件读进去，然后查看序列，比如insightII的homology模块。

判断aa残基的质子化形式

过程简述： a、计算pka 可以使用propka 或者H++等在线网站，在输出文件中，会列出相应残疾的pKa预测值，以及氨基酸类型； b、可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象，看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键，能形成氢键的，且H在HIS上更为合适的，就认定该N原子是质子化的。据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。