CRRSPR/Cas9基因敲除系统之sgRNA设计

sgRNA设计网站介绍

sgRNA的在线设计网站有：

1、http://crispr.mit.edu/ ；

2、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/；

等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究 者的需要，但仍然存在很多不足和缺陷。例如：

1、数据分析周期长；

2、无具体的脱靶数据；

3、可供选择物 种十分有限。

极大的影响了科研工作者的工作效率。鉴于此Biomics及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务，2个工作日内可给出sgRNA设计结果，包括详细的off‐target数据，且不限物种，提高科研工作效率！

设计要点

一、设计选项

1、基因信息或基因ID；

2、种属信息；

3、Cas9/sgRNA类型，比如spCas9 nickase需要设计一对sgRNA；

4、CRISPR类型，例如敲入、敲除、抑制、激活；

5、PAM类型，NGG或者NAG等。

二、基因敲除设计思路

1、根据相应基因及种属信息，在NCBI或ENSEMBLE中进行查找，并明确CDS的外显子部分；

2、确定待敲除位点，对于蛋白编码基因，如果该蛋白具 重要结构功能域，可考虑将基因敲除位点设计在编码该 结构域的外显子；如果不能确定基因产物性质，可选择将 待敲除位点放在起始密码子ATG后的外显子上。如果是microRNA， 可以将待敲除位点设计在编码成熟microRNA的外显子或在 编码成熟microRNA的外显子的5’和3’侧翼序列。

Biomics本地化设计软件

一、潜在靶点输出

百奥迈科sgRNA 设计软件数据输出包括sgRNA靶点序列，靶点全基因组潜在脱靶分析、外显子等信息。

二、脱靶数据分析

尽管现有sgRNA设计软件总结了一些规律，但仍然非常有限，因此预测sgRNA 的敲除效率仍然不尽如人意。Biomics sgRNA设计软件主要关注避免Cas9脱靶效应，以确保成功设计的sgRNA尽可能的减少脱靶效应。在此基础上通过试验筛选设计的sgRNA靶点，选择敲除效率高的sgRNA靶点用于最终的下游试验。