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表位预测法获取抗原多肽(Th细胞表位的鉴定)

相关实验:Th细胞表位的鉴定

最新修订时间:

简介

表位预测法获取抗原多肽方法是指特定 Th 细胞表位多肽的氨基酸组成有其特定的规律,因此可以采用计算机预测的方法获取抗原多肽。

原理

表位预测法获取抗原多肽方法的基本原理是指特定 Th 细胞表位多肽的氨基酸组成有其特定的规律, 因此可以采用计算机预测的方法获取抗原多肽。
例如,HLA-DR1 限制性 Th 细胞表位基序的特点是:多肽的第 1 位氨基酸残基为芳香族氨基酸或疏水性氨基酸,第 6 位氨基酸残基为不带电荷的氨基酸,而第 9 位氨基酸残基则为相对疏水的氨基酸。
目前的 Th 细胞表位预测多采用网上的表位预测程序,如「TEPITOPE」(网址:http://www.imtech.res.in/raghava/propred/)和 「SYFPEITHI」(网址:http://www.syfpeithi.de/Scripts/ MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm)。表位预测后, 从预测结果中选择评分最高的一些多肽,经合成、纯化、鉴定后,用于后续鉴定研究。

材料与仪器

器材:计算机

步骤

表位预测法获取抗原多肽方法的基本过程可分为如下几步:
(1)打开网页;
(2)选择 MHC 分子、所需预测的表位多肽的氨基酸残基个数;
(3)输入抗原的氨基酸序列;
(4)点击「submit」或「run」获得预测结果。
(5)从预测结果中选择排位靠前的一些多肽,经合成、纯化、鉴定后,用于后续鉴定研究。

来源:丁香实验

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