PCR 反应中 Taq 酶的选择
最新修订时间:
材料与仪器
步骤
高保真Taq酶
下游应用为基因筛选、测序、突变检测,分子诊断等等的用户,往往对PCR保真性要求很高,保真性的一个通用标准是错配率,错配率越低保真性越好。普通Taq酶的错配率在2-5X10-5碱基/循环数,而高保真Taq酶错配率可达10-6数量级,大大降低了出错的可能。其原理主要是因为高保真Taq酶具有3‘到5’核酸外切酶(Proofreading)的活性,扩增途中如果产生了错配的碱基,它可以将其切掉,从而保证了扩增的准确性。需要提醒用户的是由于此酶具有核酸外切酶功能,往往扩增效率低一些,有的还容易降解引物,且产物一般不宜用TA或UA克隆法克隆。
下游应用为基因筛选、测序、突变检测,分子诊断等等的用户,往往对PCR保真性要求很高,保真性的一个通用标准是错配率,错配率越低保真性越好。普通Taq酶的错配率在2-5X10-5碱基/循环数,而高保真Taq酶错配率可达10-6数量级,大大降低了出错的可能。其原理主要是因为高保真Taq酶具有3‘到5’核酸外切酶(Proofreading)的活性,扩增途中如果产生了错配的碱基,它可以将其切掉,从而保证了扩增的准确性。需要提醒用户的是由于此酶具有核酸外切酶功能,往往扩增效率低一些,有的还容易降解引物,且产物一般不宜用TA或UA克隆法克隆。
目前市面上主要有两类产品,一类是混合型的高保真酶,将带有Proofreading活性的酶与普通Taq酶(用于提高扩增效率)混合起来,错配率在8-9 X10-6碱基/循环数。Clontech、LTI等公司都有此类产品。如果要求更高的保真度,就要选择单一型的高保真酶,如Stratagene的 Pfu,NEB公司的Vent DNA 聚合酶,错配率5.7 X10-5碱基/循环数;QIAGEN公司新推出的ProofStart DNA聚合酶,兼特异性与保真性于一体,其聚合酶及Proofreading活性都为热启动,可避免引物降解,错配率达2-4×10-6碱基/循环数,加上优化的反应体系,可在室温下配置反应液,可进行复杂模板(高GC含量、二级结构)及长片段的扩增,的确是这类酶中的佼佼者。
高耐热性Taq酶
对于有些模板变性温度较高,需要时间较长的用户,可能要求高耐热性Taq酶,这里介绍NEB公司的Vent和Deep Vent DNA聚合酶系列,两者都是从海底火山口分离出来后克隆的,是普通Taq酶耐热性的三倍以上,前者在95℃半衰期近7小时,100℃近2小时;后者更甚,分别为23小时和8小时。
超长片段扩增Taq酶
对于作基因组图谱、测序及分子遗传学研究的用户,可能会用到超长片段的扩增,Clontech公司的Advantage Genomic系列混有Tth DNA聚合酶,Proofreading酶和热启动抗体,对复杂模板可扩增10kb片段,简单模板可达40kb。
关于复杂模板的扩增
对于模板结构复杂,如GC含量高(>60%),有二级结构等,普通的Taq酶可能难以延伸下去,加入DMSO等助熔剂可帮助扩增顺利进行,但 DMSO有毒,而且用量需要优化。QIAGEN公司的任何一种Taq酶都附有特制的Q-溶液,操作方便、安全,对复杂模板的扩增特别有效。
关于条件的优化
现下很多著名的生物试剂公司都提供优化的缓冲液,如QIAGEN公司的缓冲体系,对温度和Mg2+的耐受性很强,随试剂盒有推荐的操作手册,大大减少了反应条件的优化,如果结合好的引物设计软件和高质量的模板引物,一次成功率极高。但任何东西都不是万能的,如果碰到比较特殊的情况,还需要仔细分析,优化调整。
以上就Taq酶的一些基本分类分别进行了介绍,具体选购时要根据实验需要择其重点,再参照其他参数,才能选到最合适的Taq酶。我们会及时将最新的技术和产品推荐给大家,希望能帮助大家更快更好的达到实验目的。
高耐热性Taq酶
对于有些模板变性温度较高,需要时间较长的用户,可能要求高耐热性Taq酶,这里介绍NEB公司的Vent和Deep Vent DNA聚合酶系列,两者都是从海底火山口分离出来后克隆的,是普通Taq酶耐热性的三倍以上,前者在95℃半衰期近7小时,100℃近2小时;后者更甚,分别为23小时和8小时。
超长片段扩增Taq酶
对于作基因组图谱、测序及分子遗传学研究的用户,可能会用到超长片段的扩增,Clontech公司的Advantage Genomic系列混有Tth DNA聚合酶,Proofreading酶和热启动抗体,对复杂模板可扩增10kb片段,简单模板可达40kb。
关于复杂模板的扩增
对于模板结构复杂,如GC含量高(>60%),有二级结构等,普通的Taq酶可能难以延伸下去,加入DMSO等助熔剂可帮助扩增顺利进行,但 DMSO有毒,而且用量需要优化。QIAGEN公司的任何一种Taq酶都附有特制的Q-溶液,操作方便、安全,对复杂模板的扩增特别有效。
关于条件的优化
现下很多著名的生物试剂公司都提供优化的缓冲液,如QIAGEN公司的缓冲体系,对温度和Mg2+的耐受性很强,随试剂盒有推荐的操作手册,大大减少了反应条件的优化,如果结合好的引物设计软件和高质量的模板引物,一次成功率极高。但任何东西都不是万能的,如果碰到比较特殊的情况,还需要仔细分析,优化调整。
以上就Taq酶的一些基本分类分别进行了介绍,具体选购时要根据实验需要择其重点,再参照其他参数,才能选到最合适的Taq酶。我们会及时将最新的技术和产品推荐给大家,希望能帮助大家更快更好的达到实验目的。
来源:丁香实验