请问怎么找到我这个基因家族在所有绿色植物，比如低等植物到高等植物中全部的基因呀

可通过phytozome（JGI）数据库进行查找。

可以上基因网站上查询，步骤如下：

首先要知道domain id，也是pfam id

打开网站 https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/hmmscan

输入一个蛋白序列，点击提交，搜索之后会出现一个表格，选择 Accession下的号码，如：“PF00067”

网站：（http://plants.ensembl.org/index.html）

1.打开之后，点击顶部”BioMart”

2.在”BioMart”页面上有个“-CHOOSE DATASET-”的提示，点击下，下拉选择”Plant Genes 36”。然后再次下拉选择小麦即可。即选择“Triticum aestivum genes (TGACv1)”。

3.点击页面左侧的Filters,然后可以看到加载的页面上有这样一行“PROTEIN DOMAINS AND FAMILIES:”，点击左边的加号展开。

4.点开之后，下拉选择，Pfam ID(s)下方输入框输入上述pfam id “PF00067”。

5.点击页面左边的“Attributes”，选择需要返回的内容，比如蛋白序列，CDS，基因组序列，转录本ID等。这一步里边选项很多，可以获取很多信息，多摸索下。

6.点击此时页面左上方的“Results”，获取结果。可以选择导出结果.

可以采用以下步骤：

1. 确定基因家族：首先，确定你感兴趣的基因家族的名称或特征。例如，如果你感兴趣的是某个转录因子家族，可以确定其家族名称。

2. 获取参考基因组：选择一个具有高质量基因组测序数据的代表性绿色植物物种作为参考基因组。参考基因组应尽可能接近你感兴趣的物种范围。

3. 基因家族搜索：使用基因家族的保守序列或特征作为查询，在参考基因组中进行搜索。可以使用常见的基因家族数据库（如NCBI的BLAST或InterPro）或专门用于植物基因组的数据库进行搜索。

4. 基因家族扩展：通过在参考基因组中找到的基因，获取该基因家族的更多成员。这可以通过查找同源序列、拓展搜索范围、进一步筛选和验证等方法来实现。

5. 物种范围扩展：将在参考基因组中找到的基因家族成员与其他绿色植物的基因组数据进行比对和分析。可以使用公共基因组数据库或其他基因组项目的数据资源来获取其他绿色植物物种的基因组数据。

6. 比对和注释：对从不同绿色植物中获得的基因序列进行比对和注释，以确认其属于目标基因家族。这可以包括基因结构分析、保守结构域的注释、系统发育分析等。