shRNA和siRNA的敲减效率问题？

这是合理的，siRNA进入细胞后直接结合mRNA上互补序列，从而阻碍基因表达，而shRNA需要切割为siRNA才能发挥同样的作用

理论上sh的效果应该是更好，稳定性更高的。你可以看一下这个shRNA是不是脱靶

这是正常的，毕竟shrna进入细胞后还要加工处理，加工过程效率不高最后影响敲减效率

shRNA敲减效率低可能有以下原因：

（1）基因的表达水平：表达越低，敲减越难；

（2）RNA的二级结构：RNA本身是单链的，其序列某些区域可能互补，靶点就无法结合；

（3）载体结构：不同骨架的载体，表达shRNA的水平是有差异的；

（4）细胞系差异：同一个靶点，在不同细胞的敲减效率是有差异的；

shRNA进入细胞后先被切割成siRNA,siRNA与RISC结合后与mRNA结合，并干扰其表达。因为shRNA需要经过有效切割才能发挥作用，所以转染效率相同的shRNA和siRNA,shRNA的效率会相对较低。