【交流】siRNA的效率
丁香园论坛
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在设计siRNA时，人们总是关心如何地提高siRNA的效率，实际上我认为研究为什么siRNA没有效率也是一个很有意义的问题，它可以从反面给人们以启发。
在思考这个问题的同时，我查到一篇文献，说是单链RNA也是可以激发RNAi途径的，这对我很新鲜，因为一直把dsRNA引发RNAi当作经典范式。文章认为，单链RNA和双链RNA都是只有一条链同RISC (rna induced silencing complex)相结合，所以其机理都是一样的，Similar behaviour of single-strand and double-strand siRNAs suggests they act through a common RNAi pathway.免费看全文：
http://nar.oupjournals.org/cgi/reprint/31/9/2401
Yunhe Xu等对这个问题进行了深入的研究，原则上同意上面的说法，但是发现，单链的siRNA没有双链的siRNA效力高。该文认为，siRNA的结构特点可能比siRNA能否在胞内持续存在更重要。[Xu Y,et al. Functional comparison of single- and double-stranded siRNAs in mammalian cells. Biochem Biophys Res Commun. 2004 Apr 9;316(3):680-7.]
除了结构，序列对于siRNA的效率也很重要Pancoska P, et al. Efficient RNA interference depends on global context of the target sequence: quantitative analysis of silencing efficiency using Eulerian graph representation of siRNA. Nucleic Acids Res. 2004 Mar 01;32(4):1469-79.
当然，有些人也认为，处于mRNA的不同位置，其siRNA效率不同,不是siRNA本身的原因
Hsieh A C, Bo R, Manola J, Vazquez F, Bare O, Khvorova A, Scaringe S and Sellers W R 2004 A library of siRNA duplexes targeting phosphoinositide 3-kinase pathway: determinants of gene silencing for use in cell-based screens; Nucleic Acids Res. 32 893–901
还有人用化学修饰法研究siRNA的效率。Braasch DA, Jensen S, Liu Y, Kaur K, Arar K, White MA, Corey DR. RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA. Biochemistry. 2003 Jul 8;42(26):7967-75. Related Articles
以上的研究方法的共同点都是关注什么样的siRNA有效或高效，很少关注导致siRNA失效的因素。其实，关注siRNA失效的因素不是同样很重要吗？各位意下如何？
举个有关使siRNA效率变低的例子：
按照Reynolds的规则编的算法：
如果在位13为G则扣一分，其他的不扣。与此类似，在19位为G或C扣除一分。
Reynolds A, Leake D, Boese Q, Saringe S, Marshal W S and Khvorova A 2004 Rational siRNA design for RNA interference; Nature Biotechnol. 22 326–330
<center> <font><strong>共同讨论</strong></font></center>
在思考这个问题的同时，我查到一篇文献，说是单链RNA也是可以激发RNAi途径的，这对我很新鲜，因为一直把dsRNA引发RNAi当作经典范式。文章认为，单链RNA和双链RNA都是只有一条链同RISC (rna induced silencing complex)相结合，所以其机理都是一样的，Similar behaviour of single-strand and double-strand siRNAs suggests they act through a common RNAi pathway.免费看全文：
http://nar.oupjournals.org/cgi/reprint/31/9/2401
Yunhe Xu等对这个问题进行了深入的研究，原则上同意上面的说法，但是发现，单链的siRNA没有双链的siRNA效力高。该文认为，siRNA的结构特点可能比siRNA能否在胞内持续存在更重要。[Xu Y,et al. Functional comparison of single- and double-stranded siRNAs in mammalian cells. Biochem Biophys Res Commun. 2004 Apr 9;316(3):680-7.]
除了结构，序列对于siRNA的效率也很重要Pancoska P, et al. Efficient RNA interference depends on global context of the target sequence: quantitative analysis of silencing efficiency using Eulerian graph representation of siRNA. Nucleic Acids Res. 2004 Mar 01;32(4):1469-79.
当然，有些人也认为，处于mRNA的不同位置，其siRNA效率不同,不是siRNA本身的原因
Hsieh A C, Bo R, Manola J, Vazquez F, Bare O, Khvorova A, Scaringe S and Sellers W R 2004 A library of siRNA duplexes targeting phosphoinositide 3-kinase pathway: determinants of gene silencing for use in cell-based screens; Nucleic Acids Res. 32 893–901
还有人用化学修饰法研究siRNA的效率。Braasch DA, Jensen S, Liu Y, Kaur K, Arar K, White MA, Corey DR. RNA interference in mammalian cells by chemically-modified RNA. Biochemistry. 2003 Jul 8;42(26):7967-75. Related Articles
以上的研究方法的共同点都是关注什么样的siRNA有效或高效，很少关注导致siRNA失效的因素。其实，关注siRNA失效的因素不是同样很重要吗？各位意下如何？
举个有关使siRNA效率变低的例子：
按照Reynolds的规则编的算法：
如果在位13为G则扣一分，其他的不扣。与此类似，在19位为G或C扣除一分。
Reynolds A, Leake D, Boese Q, Saringe S, Marshal W S and Khvorova A 2004 Rational siRNA design for RNA interference; Nature Biotechnol. 22 326–330
<center> <font><strong>共同讨论</strong></font></center>
