几个siRNA设计的软件和提高siRNA的沉默效率的方法

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RNA干涉是分子生物实验中一项强有力实验工具。其中siRNA 是RNAi发挥效应所必需的因子，因此掌握siRNA实验和设计方法非常重要。关于设计siRNA目前尚无可靠的规律，不过，不少实验室和科研机构都开发了相应的siRNA设计软件。

siRNA 设计是一个需要由软件完成的工作，但其中也有一般规律可寻：1.起始密码子75-100个以后，终止密码子100个以前的片断 2.GC比例在35-50之间，最好不要超过55% 3.设计好的序列必须进行blast同源分析。需要提醒的是，对于任一个靶基因，RNAi的选择都带有一定的随机性。

https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai (跟blast不同算法)

http://i.cs.hku.hk/~sirna/software/sirna.php (港大)

http://cluster-1.mpi-cbg.de/Deqor/deqor.html (友好，文献支持，可视性强)

http://jura.wi.mit.edu/bioc/siRNA (whitehouse,多人赞)

http://alps3.gi.k.u-tokyo.ac.jp / ... 2/index.php?type=fc&NBS p;(避免off taget效应在BLAST方面，siDIRECT有独到之处)

http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html (ambion公司，简单，有blast链接)

http://sinc.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html

http://katahdin.cshl.org:9331/RNAi/html/rnai.html

https://www1.qiagen.com/GeneGlobe/Default.aspx Rational siRNA Design

http://ihome.ust.hk/~bokcmho/siRNA/siRNA.html (excel做的 siRNA 设计模板)

另外，可从以下几个方面提高siRNA的沉默效率

1）从起始密码下游50~100 nt开始, 避开5′ 端或3′端的UTRs , 搜索AA(N19)序列。

2) 有义链1位为G或C, 19为A或U, 双链5′ 端能量应该比3′ 端高, 即有义链15~19至少有3个A或U, 或着13~19至少有5个A或U。此原则最为重要。

3) siRNA5′端必须磷酸化, 3′端悬垂两个dTdT, 或是UU。

4) 对mRNA目标区域进行二级结构预测, 排除那些作用于复杂二级结构的siRNA序列。

5) 可利用Blast对照, 并进一步用mRNA相似性软件或脱靶控制软件筛选, 把脱靶控制到最小水平。

6) GC含量最好在30%~52%之间,，应避免出现频率过高，第十六位最好为C, 十三位最好为非G。