siRNA的设计

1. 在设计RNAi 实验时，可以先在以下网站进行目标序列的筛选：
http://www.genesil.com/business/products/order2.htm
http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html
http://www.ic.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html
http://design.dharmacon.com/rnadesign/default.aspx?SID=45358710

2.RNAi 目标序列的选取原则：
(1) 从转录本（mRNA ）的AUG 起始密码开始，寻找“AA” 二连序列，并记下其3' 端的19 个碱基序列，作为潜在的siRNA 靶位点。有研究结果显示GC 含量在45%—55% 左右的siRNA 要比那些GC 含量偏高的更为有效。
Tuschl 等建议在设计siRNA 时不要针对5' 和3' 端的非编码区（untranslated regions ，UTRs) ，原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域，而这些UTR 结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响siRNP 核酸内切酶复合物结合mRNA 从而影响siRNA 的效果。
(2) 将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等）进行比较，排除那些和其他编码序列/EST 同源的序列。
例如使用BLAST （ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ）
(3) 选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的siRNA ，以找到最有效的siRNA 序列。

3. 阴性对照
一个完整的siRNA 实验应该有阴性对照，作为阴性对照的siRNA 应该和选中的siRNA 序列有相同的组成，但是和mRNA 没有明显的同源性。通常的做法是将选中的siRNA 序列打乱，同样要检查结果以保证它和目的靶细胞中其他基因没有同源性。