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EMSA结合带检测不到

相关实验:Giemsa染色

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Alan_

求助各位大神!好着急啊要毕业了结果一直做不出来能上的图

EMSA游离探针明显减少而结合带没有是咋回事啊?我是研究蛋白突变后还能不能结合DNA,探针我之前做过能够做出来,但现在死活做不出来了

探针是公司合成的生物素修饰的探针,用的Thermo的核质分离试剂盒,提取完反应体系和反应液都是用的Thermo的,电泳的page胶是网上查的,第一次是6%,第二次是4%,100v跑了56min,转膜340mA转50min(第二次换了380mA),交联在超净台(距离比较远)紫外照射30min,后面化学发光也是用的thermo的

第一张图片明显WT组游离探针量减少很多,但是感觉结合带看起来不太像(发光发了10min),很像聚集在点样孔里面了,但是旁边空载(没有过表达目的蛋白)没有聚集,

怀疑自己胶浓度太高了就调成了4%的,转膜调成380mA,结果看起来好像都聚集在点样孔了

根据在丁香园看的经验贴分析原因如下:

1.胶浓度太高,我第一次跑是6%,第二次调成4%,结果感觉还没第一次跑的好(难道是因为我第二次把电压从340mA调成了380mA转过了?

2.蛋白浓度过高?我第一次蛋白加了20ug(3ul)左右(因为之前加的少检测不到,做过梯度感觉浓度高了好一点),第一次mut1(突变蛋白)没有结合带(但是之前的做出来是可以结合的,只是结合变少,所以第二次就多加了几ug,差不多28ug(4ul)左右

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3 个回答

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huarenqiang5

有帮助

可以进行超迁移实验试试。或抗体加入到蛋白和探针反应后或将抽提物与抗体结合后,再加入探针。

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

考虑还是蛋白浓度太高,超出范围的高蛋白浓度会检测不到

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loveliufudan

有帮助

游离探针减少而结合带没有明显的可能原因之一是探针的降解,探针被降解后,可能会导致游离探针减少,但是结合带的强度不受影响,从而出现这种情况。您可以检查探针的质量,看是否有降解的迹象。

此外,探针结合DNA的信号可能会被周围的杂散信号干扰,造成探针结合带弱或不明显。您可以尝试优化实验条件,如缩短电泳时间、调整电流强度、使用更高纯度的试剂等,以提高结合带的信号强度。

另外,您提到探针似乎聚集在点样孔里面,可能是由于您的探针和核酸样品的混合物太稠密,导致在电泳过程中出现聚集现象。建议您在制备样品和探针混合物时加入适量的载体DNA或聚丙烯酰胺,以帮助稀释样品并防止聚集现象的发生。

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