耐药基因分型分析

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dxy_i30e8aw2

2022-08-08

病原菌耐药小白，请问各位大佬已知病原菌耐药基因测序结果，如何在NCBI进行对比分析确定具体分型？？匹配度总是到不了100，是由于自身扩增时问题导致测序结果出现异常嘛？

用CARD对比的结果和NCBI不同请问是什么原因呢？？？

各位大佬看到麻烦能解答一下，孩子数据分析卡壳了很难受

1 个回答

Eason老歌迷

2022-08-09

有帮助

可以用NCBI的blast去分析。你的匹配度不到100，可能是由于自身扩增时问题导致测序结果出现异常。

dxy_i30e8aw2

2022-08-11

不好意思再问一下，有些菌株直接用standard nucleotide blast和用下面的microbial blast比对，结果有时不相同，有时standard的结果得分会高于microbial，有时相反。那请问是选择得分高的那个吗？还是说所有菌株都用相同模式blast比对，只看同一种blast结果？