质粒提取过程中的问题？

首先确定下做阳性重组子鉴定的时候是否是两条带,如果是单一条带的话,也有可能出现空载体的情况,有可能是空载体的片段段量小,不易观察

可能抽提的不是单克隆，也可能你用的酶，有星号活性，还是以测序结果为准

酶切显示有插入片段，而测序结果显示没有，说明插入效率不高，测序测到的是未插入空载序列，建议再次纯化培养，挑单克隆扩增培养再测序。

产生这种现象的最主要的原因是提取质粒的过程中产生了变性的超螺旋质粒，限制性内切酶无法对它进行酶切。所以在判断酶切效果时通过电泳进行分析，变性 的超螺旋质粒常常被误认为是酶切下来的片段，导致误判。其实只需要在酶切后的电泳分析增加一个原始质粒进行对照就可以避免误判。