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Ensemble数据库转录本相关信息求助!

相关实验:生物信息学数据库和软件的搜索实验

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实验室小助理夏奇

请问已知ENST号如何找到与之最接近的ENSMUST呢?如图,已知Transcript name FOSB-206这个转录本是在人的目标组织中高表达,是否可以认为在小鼠中同样的Transcript name FOSB-206转录本就是对应人的FOSB-206转录本呢?小白求解!!

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2 个回答

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loveliufudan

有帮助

可以通过基因转录本的同源性进行跨物种比对,找到与人的FOSB-206最接近的小鼠ENSMUST号码。

可以在NCBI的HomoloGene数据库中输入人类FOSB-206的Transcript ID(ENST00000586615.5),查询其在其他物种中的同源性信息。在HomoloGene的查询结果页面中,可以找到对应小鼠的FOSB-206转录本,其对应的Transcript ID为ENSMUST00000208446.2。因此,在小鼠中FOSB-206对应的转录本应该是ENSMUST00000208446.2。

需要注意的是,虽然两个基因的同名转录本可能在不同物种中存在,但它们在不同物种中的功能可能不同,因此不能简单地认为它们具有相同的功能。

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

不可以直接把人的看作小鼠,因为不是同一种属,需要在Ensemble数据库中添加小鼠的种属信息才可以

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