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生物信息数据库整理

互联网

1978
RNA序列和核糖体数据库
5.  基因图谱数据库
6.  人类基因组数据库
7.  其他物种基因组数据库
8.  基因表达数据库
9.  基因突变、病理和免疫数据库
10.  蛋白质序列数据库
11.  蛋白质结构数据库
12.  比较基因组学和蛋白质组学数据库
13.  代谢途径和细胞调控数据库
14.  与农林牧有关数据库
15.  医学数据库
16.  其他数据库

二.综合数据库
INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)由日本 的DDBJ、欧洲的EMBL和美国 的GenBank三家各自建立和共同维护
EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库
http://www.ebi.ac.uk/embl.html
GenBank ,美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸数据库
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
GSDB是由美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome Sequence DataBase)
http://www.ncgr.org/gsdb/
TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库,还有大量的EST序列和人类基因索引(HGI)
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

三.DNA序列和结构数据库
包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子
BioSino是中国 自主开发的核酸序列公共数据库
http://www.biosino.org/
CUTG,密码子使用频度表
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
EPD,真核生物启动子数据库(Eukaryotic Promotor Database)
http://www.epd.isb-sib.ch/
TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
OOTFD,转录因子和基因表达数据库
http://www.ifti.org/
RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库
http://www.girinst.org/~server/repbase.html
MicroSatellite,微卫星重复序列数据库
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段
http://ncbi.nlm.nih.gov (/pub/jmc/alu/)
Simple Repeats,简单重复序列库
http://ncbi.nlm.nih.gov/ (责任编辑:大汉昆仑王)
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