来一起探讨
主要分为三大数据库,核酸数据库(NCBI,EMBL,ENA,DDBJ等等),蛋白数据库(PDB,PIR等等),专用数据库(ZINC,pubmed,KEGG等等)
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⽣物信息学数据库可以分为4⼤类:即基因组数据库、核酸和蛋⽩质⼀级结构数据库、⽣物⼤分⼦三维空间结构数据库,当前研究⽐较热点的集中于基因组、miRNA、LncRNA、circRNA等分⼦的查询,以及蛋⽩或蛋⽩修饰变化(甲基化、⼄酰化等)与DNA启动⼦、miRNA、LncRNA、circRNA的互作,LncRNA与miRNA、mRNA、circRNA等相互的结合调控。
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基因数据库
基因组学
转录组学
蛋白质组学
表观基因组学五类
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生物信息学数据库大概分为以下几类:
1. 基因组数据库:包含各种生物的基因组序列和相关信息,如NCBI、Ensembl和UCSC等。
2. 蛋白质数据库:包含各种生物的蛋白质序列和相关信息,如Swiss-Prot和UniProt等。
3. 代谢组数据库:包含各种生物的代谢产物和相关信息,如HMDB和KEGG等。
4. 基因调控数据库:包含各种生物的基因调控元件和相关信息,如TRANSFAC和JASPAR等。
5. 分子交互数据库:包含各种生物分子之间的相互作用信息,如STRING和BioGRID等。
6. 疾病数据库:包含各种疾病的相关信息,如OMIM和ClinVar等。
7. 生物图像数据库:包含各种生物图像和相关信息,如Cell Image Library和Allen Cell Explorer等。
8. 分子结构数据库:包含各种生物分子的结构信息,如PDB和CATH等。
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四类,分别是核酸和版白纸、基因组一级数据库、蛋白质三位空间结构数据库和由上述数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。
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生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。
数据库的类型包括核酸和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库
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