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用于基因芯片分析的血液样品的准备

相关实验:用于基因芯片分析的血液样品的准备

最新修订时间:

原理

基因芯片(genechip)(又称DNA芯片、 生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是 杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的靶 核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。 

材料与仪器

血液样品
淋巴细胞分离液 灭菌生理盐水 Trizol
离心机

步骤

1、将2 mL抗凝血(肝素或者EDTA盐抗凝都可),以3,500 转/分,离心10分钟。将会看到血液分为2层,上层是淡黄色的血浆,约占60%,


2、用巴士滴管或吸管将上层血浆吸出,还剩约1ml血细胞层,在血细胞层中加入1:1体积,即约1ml的灭菌生理盐水,混匀。


3、以下是把12ml生理盐水与血细胞混合物(相当于12ml全血)合并成一管后分离白细胞过程。将24 mL淋巴细胞分离液(是全血体积的2倍)预先加入灭菌的50 mL 离心管中。将与生理盐水混合的血细胞缓慢加入淋巴细胞分离液液面上,注意尽量不要让血细胞层掺入到淋巴细胞分离液层去,此过程可见图3;然后以1500转/分,离心20 分钟(离心机要求水平转头)。可以看到液体分为三层,上层是淡黄色的血浆,中间一层乳白色,最下面一层是红色的血细胞。在中间层和上层交界处是有一层白色的膜,即白细胞层,同时在明显的白细胞层下面有较厚的乳白层液体,此层液体中也含有白细胞,但量较少,若血液足够,可以考虑不要此层(若白细胞层不很明显而乳白色液体层太厚,可以2500转/分,继续离心10 分钟以加强白细胞的分离效果)


4、用巴士滴管或移液器收集界面上的白细胞层,放入灭菌的1.5 mL EP离心管中,以 10,000 转/分,离心5 分钟,吸掉上清。可见白色的沉淀,有时白色的沉淀上还混有红色的血细胞(少量红细胞无妨).


5、去上清液,在细胞沉淀中,加入1ml Trizol试剂,用移液器充分抽打,混匀,直到形成清亮不粘稠度的液体(表明细胞被充分溶解,基因组DNA被充分打断)


6、后续可以按照Trizol试剂的标准操作抽提总RNA。也可以把此Trizol试剂保存在生物冰(低于15℃即可)邮寄给我们,由我们来完成后续的抽提过程。一般每5 ml全血可以得到10-15ug总RNA。


注意事项

1、 淋巴细胞分离液一般要求保存在4℃中。淋巴细胞分离液从冰箱取出后,不要马上应用,以避免对细胞冷的刺激,引起基因表达的改变。需待溶液温度升至室温时,混匀后使用。


2、整个分离过程中,温度应在18-28℃;温度过高与过低均影响分离质量。

常见问题

1. 在一些方法中,是在全血中直接加淋巴细胞分离液后离心分离红细胞;这样得到的白细胞沉淀中带有较多的血浆蛋白,影响RNA的抽提,因此我们建议用以上方法,先把血浆弃去后再加淋巴分离液。


2. 在一些方法中,分离得到的白细胞先用RNAlater保存进行运输;由于分离的白细胞往往污染有红细胞,红细胞会影响 RNAlater的保存效果;另外,保存在RNAlater中的白细胞在重新回收提取RNA时还有部分损失。


因此若实验室有Trizol试剂,我们建议直接用Trizol试剂把白细胞溶解,在Trizol试剂中的RNA是相对稳定的,-20℃可以保存一个星期,-70℃可以保存一个月。

来源:丁香实验

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