提问
提问
我要登录
|免费注册

mimic数据库评分?

相关实验:生物信息学数据库和软件的搜索实验

user-title

瑟瑟流年

请教一下各位mimic数据库评分怎么弄?

wx-share
分享

3 个回答

user-title

毛利小五郎的徒弟

有帮助

可以做一个评分的统计模型,把数据库的变量纳入模型,然后进行评分。

user-title

huarenqiang5

有帮助

在pgAdmin中选中数据库,右键选择Query Tool,接着打开sofa.sql,可以看到,除了原生数据之外,sofa评分还使用了icu_hourly, ventilation, vitalsign等衍生数据,如果说sofa.sql是个大BOSS的话,表中的内容就是打BOSS前刷的小怪,要把对应的sql一个一个运行,生成衍生的数据,都准备齐活了才能运行sofa.sql。

1. Postgres的时间函数

由于MIMICIV官方给的SQL语句是适用于BigQuery的,因而有些function在PostgreSQL中没有。好在MIMICIII的代码中提供了这些function.用pgAdmin打开postgres-function.sql后,把SET search_path TO mimiciii;删除并运行。

这样就可以在PostgreSQL中使用这些function了;不过,也可以修修改改。

2.逐个运行需要的function

CREATE TABLE mimic_derived.icu_times AS

此外,原代码中的table名是'physionet-data.mimic_icu.chartevent',这里需要去掉physionet-data.以及两侧的引号。

程序运行后,会出现一个‘mimic_derived’的SCHEMA,在此之下会有个叫icu_times Table。

3. Bug的重灾区icu_hourly.sql可以直接运行,因为function已经定义过了。如果还是一直出问题的话,可以直接用Postgres的函数,需要进行修改。

接下来的过程大同小异,运行自己需要的sql即可。


P.S. 全自动的方法比较适合Mac, Linux系统,Windows系统会比较麻烦。

user-title

loveliufudan

有帮助

要评估MIMIC数据库的质量,可以考虑以下几个因素:

数据的质量:包括数据的准确性、完整性、一致性等等。可以通过检查数据是否存在缺失、重复、错误等问题来评估数据的质量。

数据的可用性:包括数据的获取难度、数据格式、数据存储等等。可以通过考察数据的获取渠道、数据的格式和存储方式等问题来评估数据的可用性。

数据的代表性:包括数据的样本数量、样本的分布、数据的时间跨度等等。可以通过分析数据的样本数量、样本的分布情况以及数据的时间跨度来评估数据的代表性。

评估MIMIC数据库的质量需要考虑多个方面,因此评分也可以从不同的角度进行。可以根据具体的需求和使用场景来选择适合的评分标准和方法。

提问
扫一扫
丁香实验小程序二维码
实验小助手
丁香实验公众号二维码
关注公众号
反馈
TOP
打开小程序