Encode数据库中样本表达量中的-R代表什么？

一般是你研究的RNA的可检测量，这个量可以与理论量进行对比。

-R 表示 RNA 数据中的相对表达量。

在 ENCODE 数据库中，样本表达量使用 RPKM/FPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads/Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）和 TPM (Transcripts Per Million) 等标准化方法进行表示。-R 表示相对表达量，是一个比值，相比于其他样本，表示这个样本对某个基因的相对表达量。例如，-R 为2代表该样本对该基因的表达是另一个样本的两倍。