利用整合型质粒做同源重组的问题

我要做枯草芽孢杆菌芽孢展示，amyE是枯草芽孢杆菌淀粉酶基因，这个载体是pdg364，载体自带amyE基因。

利用amyE臂作同源重组，我想在amyE上下游之间插入目的基因（Ecori，HindIII酶切位点），但是amyE下游在5‘，amyE上游在3’？？没关系的吗

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