如果筛选出的差异代谢物很少，该怎么办？

当利用常用的阈值筛选差异代谢物时，如果筛选到的差异代谢物很少，可能有以下几个原因：

1. 样本数量不足或质量差：样本数量不足或样本质量差可能导致差异代谢物的筛选结果不够准确和可靠。

2. 表达水平差异较小：如果筛选的阈值较高，可能会导致表达水平差异较小的代谢物无法被筛选出来。

3. 生物学变异：生物学变异可能导致差异代谢物的筛选结果不够准确和可靠。

为了解决这些问题，可以考虑以下几个方法：

1. 增加样本数量：增加样本数量可以提高差异代谢物的筛选准确性和可靠性。

2. 调整阈值：如果筛选的阈值过高，可以适当调整阈值，降低筛选的门槛，以便筛选到更多的差异代谢物。

3. 使用多个分析方法：使用多个分析方法可以提高差异代谢物的筛选准确性和可靠性。

4. 进一步验证：对筛选出的差异代谢物进行进一步验证，如鉴定结构、测定浓度等，可以提高筛选结果的可靠性和可重复性。

总之，当利用常用的阈值筛选到的差异代谢物很少时，可以通过增加样本数量、调整阈值、使用多个分析方法和进一步验证等方法来提高筛选结果的准确性和可靠性。

可以适度增加筛选区间，比如扩大P值和FC值等。相反，代谢物过多可以设置更加严格筛选阈值

把阈值设宽松些，只用VIP＞1，舍去p值。若筛选出的差异代谢物还是很少，分为两种情况：

1、组内差异太大，可能是样本准备的平行性不好，也可能样本前处理或检测时做的稳定性不好；

2、组间差异太小，那就是实验设计的问题。碰到这种情况，要么重做，要么就用过单维t test和Fold change去筛选差异代谢物。

建议初筛用倍数变化法，就是FC；因为代谢产物的倍数变化范围广，然后再用p值或者VIP来筛有统计学差异或者可能是阳性的关联代谢物

可以扩大相应的筛选标准，提高筛选出来的样品