蛋白组学如何快速建立方法？如果给第三方公司做，成本很高。但是自己做建立方法又很难很慢，如何解决这两者之间的矛盾？

你可以先借鉴一下这篇文章，《蛋白质组学研究的基本步骤》。然后决定是给第三方公司做还是自己建立。

一个小小建议，找你一部分你能做的，可以自己试试，然后另一部分给第三方公司做，这样能降低一点成本，总的实验也会在你的掌控之中。

设计的实验总体思路是可行的，具体细节方面您可以根据实验的结果添加一些特定的检测或者是验证。2.目前使用2DE技术的比较少，由于2DE技术存在一定的局限性，建议您使用DDA或者SWATH/DIA方法。DDA技术是指数据依赖型质谱技术，主要包括SILAC、iTRAQ/TMT和Label Free技术，SILAC技术是一种体内标记技术，适合于可以传代培养的细胞样品，在细胞培养过程中，重标同位素的两种氨基酸通过细胞传代培养的方式逐渐掺入到整个蛋白质组中，从而将混合在一起处理不同组别的样品通过质谱进行区分。iTRAQ/TMT技术是一种体外标记技术，适用于不能进行传代培养的细胞样品、需要进行预处理的细胞样品以及组织样品。准备样品的过程中可以按照常规的方法进行蛋白的提取，在进行质谱分析之前，带有不同标签的iTRAQ/TMT试剂分别与不同的样品进行反应使得不同组别的样品带有不同分子质量标签，从而将混在一起处理的不同组别的样品通过质谱区分开来。Label Free也是现在常规的定量技术，不同组别样品不使用任何标签进行标记，每个样品单独进行质谱分析，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。SILAC和iTRAQ/TMT技术的蛋白通量要高于Label Free，相对应的价格也要比Label Free高一点；Label Free技术与SILAC和iTRAQ/TMT技术相比，其通量要低一些，性价比要高一些。通常来说，如果样品数量少于10个，可以使用传统的DDA定量方法，因为样品数量较少，可以在一次实验中同时处理，得到的结果准确，性价比较高，而对于大批量样品或者多批次实验的重现性会有一些影响。SWATH/DIA技术是一项区别于DDA采集的全新的、全息式的质谱技术，它将扫描区间内所有的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂，使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量，从而获得完整的肽段信息，大大提高了定量的可重现性。当样品数量较多时，使用SWATH/DIA可以得到高重现性和准确度的结果。具体使用哪种方法还要根据您的样品数量以及您的预算进行综合考虑

如果是谈到蛋白质组学，定义在组学概念的话，建议你用itraq ，现在有AB的5600这款仪器，做细胞的话，盲筛到3000种左右的蛋白应该没什么问题，筛到的蛋白够多，就可以通过分析手段挑出差异蛋白，之后你可以动物实验进行验证也好，临床回顾分析论证也好。这个手段固然是不错的，但是费用估计会比较高，如果是8标itraq实验，普遍收费应该在7万-9万之间吧。2DE和2D-DIGE实验费用就很低了，但是你得不到多少蛋白信息，就不用谈蛋白质组学了吧