某个基因已经敲除了，理论上蛋白没有表达，为什么还能拉下来蛋白

可能是抗体特异度差，将杂质的结合误认为目的蛋白

如果一个基因被敲除，理论上来说该基因编码的蛋白质不会再被合成和表达。但是在某些情况下，即使基因已经被敲除，仍然可能观察到该蛋白的存在。这可能是由于以下原因：

抗体的特异性：如果使用的抗体具有交叉反应的特性，即抗体不仅能够识别目标蛋白，还能与其他蛋白结合，那么就可能拉下非目标蛋白，导致在 Western blot 或者其他检测方法中观察到类似目标蛋白的条带。

基因敲除不完全：在基因敲除实验中，有可能出现基因敲除不完全的情况。即使敲除了目标基因，也有可能留下一些残留的基因片段或者突变，这些残留的基因片段或者突变可能会导致蛋白质的表达。此外，还有可能存在基因剪接变异、启动子活性调节、转录后修饰等因素，导致蛋白质的表达不受基因敲除的影响。

其他污染物的存在：在免疫共沉淀 (Co-IP) 实验中，有可能存在其他蛋白质、核酸、细胞碎片等污染物，它们可能会与实验中使用的抗体结合并被拉下，导致在 Western blot 或者其他检测方法中观察到非目标蛋白的条带。

可能您的基因敲除的没有完全敲除干净。如果之前只用RT-PCR检测敲除效果可能由于循环数低没有扩增出来，但是可能还是有一定表达的