【求助】发现一种新蛋白，通过CO-IP验证了与已知通路里的一个蛋白相作用，实验接下来应该如何设计呢？

芯片发现一种新蛋白，前期甲基化，功能实验等已验证其是一种抑制肿瘤转移的基因，现在想研究其信号通路，并已通过CO-IP验证了与一条已知通路里的一个蛋白相作用，实验接下来应该如何设计更有意义呢？

1. 用另一蛋白的siRNA转染细胞后，看你的新蛋白的抑制肿瘤转移的功能是否受影响，另外，看新蛋白的表达（mRNA and protein levels)是否受影响。
2。另一蛋白有无抑制剂或激动剂，如有处理细胞后，做类似的上述实验。
3。另一蛋白的已知上游调控蛋白是否已知？如是，用该蛋白的siRNA或抑制剂看是否你的新蛋白-另一蛋白的co-IP binding是否受影响。
4。co-IP 技术并不能证明两种蛋白是直接binding，所以还需要其它的技术来证明是否是直接作用。
先说这么多吧，但愿我这烂砖能抛来大玉。
good luck!

是否可以尝试将你初步鉴定的这个新蛋白和与肿瘤转移相关的pathway联系起来，既然已经通过co-IP找到了一个蛋白，那么这个蛋白的功能是否已知？是否可以破坏两者的结合然后检测功能变化？
愚见

good idea!但是怎么实现“破坏两者的结合”，因为这个问题理论上说很简单，但是做起来不容易，抑制两者结合的抑制剂，一般市场上不会有（尤其是对新蛋白），预测也很难。