Co-IP下游还可以开展哪些分析实验？

根据你的实验目的来，多看看文献，看看相同领域的研究者是怎么做的。CO-IP一般是验证性的，下一步可以通过基因编辑在实验对象上验证蛋白功能。

可以进行SDS-PAGE，质谱，酶实验等

Co-IP所获取的样品，可以借助特异性抗体进行WB验证某种特定蛋白的存在（即认为互作蛋白），也可进行蛋白质谱鉴定找出互作蛋白，尤其当寻找未知互作蛋白时更需通过质谱分析。