为什么其他方式能验证出两个蛋白之间有相互作用，用Co-IP却没有验证出来？

首先确定两个蛋白到底有没有相互作用。可以结合酵母双杂交，LUC或者其他的实验结果。

在其他实验验证有互作的情况下，调整COIP 条件。看来你的步骤，其中孵育的时间两个overnight，太长了如果某个蛋白不稳定你这两三天的实验蛋白就降解了，加抗体后2h，加proteinG beads再4h就可以了，不需要太久。另外完全可以适应标签抗体偶联好的商业化Flag beads or HA beads, 这样可能富集效果会更好。

另外wash buffer 建议不要用PBS，是会被质疑的。可以用低盐离子浓度的Tris buffer代替

Co-IP可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质 相互作用。两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用！

Co-IP是验证蛋白之间相互作用的经典方法，但是有一定的灵敏度，对于有些弱相互作用或由于蛋白表达量太低而检测不出来的，属于正常范畴。