如何对蛋白质组（定性定量检测）庞大数据进行处理？

蛋白质组中标准化的工具较少，一般是自己编写代码。一般用apply结合sweep函数来实现。

pathway和GO分析工具。ingenuity和DAVID比较好， ingenuity是商业软件，价格很高，可以做定量比较，显示蛋白表达的高低。 DAVID是免费的，只是对蛋白或基因进行富集分析。但对蛋白质组研究够用了。