关于多转录本引物设计的进一步问题

细胞样本提取的rna是成熟rna，经过逆转录后的cdna不包含内含子序列，设计引物时要考虑内含子外显子的问题，不然怕扩增不出来

1.这可能是因为设计引物时需要考虑特定的长度和序列要求。尽管最短转录本包含了所有引物的序列，但可能不满足引物设计的其他条件，例如长度或特定结构要求。因此，根据设计引物的目标和要求，需要选择合适的区域和长度来设计引物。

2.细胞样本提取的RNA主要包括成熟RNA和包含内含子的前体mRNA。逆转录后的cDNA会包含内含子序列，因为反转录过程会将RNA转录为cDNA，其中包括所有转录本的信息，包括内含子序列。

设计引物时需要考虑内含子和外显子的问题，是因为引物的设计需要针对具体的转录本和目标序列，以确保引物能够选择性地扩增目标转录本而不受其他转录本或基因的干扰。因此，在引物设计中考虑内含子和外显子序列可以提高引物的特异性和选择性。

很明显，经过转录的cdna是包括内含子的

跨外显子是做逆转录用的，因为mRNA在经过splicosome 处理后就不再有内含子了。

跨内含子理论上可以同时扩增基因组DNA和逆转录的cDNA，作用是区分基因组和cDNA，因为基因组包含内含子,扩出来条带会大一些。