【求助】关于基因芯片中差异基因的进一步选择

各位大侠：我的芯片实验已做完，公司给了差异基因和PATHWAY,GO等分析结果。可我有一大堆的问题和困惑：
1.因为公司用了两套软件（Beadstation,genespring）来分析我的结果，所以差异基因有两套，可差别很大，公司说选择和我想要的结果相近的那一套。
2.可我怎样从筛选出的几千个差异基因中找到我想要的几个基因呢？查文献？人家已经研究过的我再重复做也没意义了呀！在数据库中找线索？合算序列数据库有好几个：Genebank, EST,Unigene，我怎么也看不懂它们的区别，我应该用哪一个，应该怎么去分析呢？
3.说简单点，我就是想从差异基因中找出几个与癌症转移相关的基因，然后进行验证，但怎样才能火眼晶晶的找出来呢？
小妹郁闷中，满头冒包！求助各位大哥！

1.你用的是什么芯片？同一个芯片结果，2倍差异基因应该是一致的，不同的软件，会在P值和一些统计上有差异。但差异基因表达是根据信号值来判断的，不应该出现不一致的情况。

2.先挑P值小于0.01的pathway, GO，先看一下，分别是些什么功能相关的？跟你的癌转移是否有关系。我对癌转移不清楚，但如果是癌发生的话，跟细胞周期、细胞分化是非常密切相关的。你可以先选择这些pathway里的基因下手。

3.将差异基因从高到低排列，先对一些上升下调比较明确的基因，验证一下，再查文献，看是否有人在其他癌症报道过。

4.对差异基因进行聚类，然后针对一些非常明确的癌转移基因，看它和谁聚类在一块，它的邻居也是潜在的癌转移候选基因。

5.如果2倍差异基因几千个，太多了，那就建议先筛选5倍，或者10倍的，找完了，再放宽筛选条件。

6.非转移癌症中不表达（absent）而在转移癌症中present的，这些最有可能是。

7.EST,unigene基本上不要去管他。是追溯源头用的。直接看gene description, GO，就差不多了。对感兴趣的基因，直接通过genebank，查找一些相关的文献。

从你的描述，我知道的仍然甚少，以上只是通用做法。供参考。

bell老师，非常感谢你的回复，您说的很不晦涩，让我看到了光亮！
我用的是illumina的全基因组微珠芯片。您说的第三点我已经做完了这个工作，困惑的是选择别人做过的，与癌症相关的，我再去做是否有意义呢；如果是别人没做过的，我去研究，是否有盲目性呢。目前我就用这种方法筛选了4个基因，可谁都不挨着谁，要发文章的话，恐怕有点不好分析，所以我决定再选一组功能相关的基因或者一个通路上的。
您说的第二点是我非常想要做的，小妹愚钝，不知道怎样去查找哪些PATHWAY与癌转移相关；还有GO分析，也不知道哪些功能是与癌转移相关。需要怎样去做呢？
您说的第四点，我只知道我的聚类让我看到样本的选择是正确的，即转移组是一类，费转移组是一类，我怎样才能知道癌转移基因和谁聚在一起了呢？
期望得到您的再次指点！

第4点，你做的是condition聚类吧，不是我附件中的这种基因聚类。
第二2,你说的哪些pathway与癌转移相关，这个得靠你的知识积累了。你既然做这个领域，总应该看了很多这方面的文献了吧，难道一个癌转移基因都没看到过？难道这个领域还没人研究过？
最好的办法还是找文献，看几篇基因芯片的文章，如果能找到人家也用基因芯片，找到另一种癌中转移相关的基因，那就最好了。如果找不到，那就参考别人，用基因芯片找到一些与抑癌啊，致癌，等相关的基因。看一下人家的分析方法。然后你套用过来就行了。
看了上面，发现你做芯片非常盲目，做芯片之前都没有预测过，挑出一些差异基因后应该怎么办。而是对芯片结果停留在感性认识上，抱着‘先做了再说，也许有很大发现’的态度。这样往往会无所适从。

我最近也想做些基因芯片的实验，不过也可能有点盲目啊，请指教目前国内代理的做的比较好的公司有哪些？谢谢

看了上面，发现你做芯片非常盲目，做芯片之前都没有预测过，挑出一些差异基因后应该怎么办。而是对芯片结果停留在感性认识上，抱着‘先做了再说，也许有很大发现’的态度。这样往往会无所适从。

老师说得没错，是很盲目，很肤浅，很无所适从呢！最近看了些文献，打算筛选出一些与EMT（上皮间质化）相关的基因。然后进一步用实时定量PCR的方法进行验证。有问题还要随时请教呀！

请教一下 您的实验是怎么设计和对照的，
就是转移癌组织和原发癌组织吗

有没有各自的癌旁

和未转移的原发癌组织

谢谢，学习一下。
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