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引物设计求助!!!

相关实验:引物设计和末端标记实验

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yuQZPB

要克的是外显子,利用primer5设计出的引物,再到NCBI上blast。但是,blast结果没有目的基因,而且特异性也不好。想请教一下前辈,这种情况应该怎么办呀😭😭😭

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4 个回答

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xijun_song

有帮助

什么基因?可以帮设计引物,欢迎交流。

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

重新设计引物,把外显子的部分也包含进去。

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yuQZPBuser-title

外显子包括进去了,我是在ncbi上选取一个外显子及前后200bp的序列,然后设置上游引物在前200个bp,下游引物在后200个bp,为了包括住整个外显子。这样的操作有问题吗?

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loveliufudan

有帮助

如果BLAST结果没有找到目标基因,可能是引物设计有问题,例如长度不够,特异性不足,或者目标基因的数据库没有完整的信息。对于这种情况,可以试着重新设计引物,或者使用更多的数据库搜索。同时,可以检查设备和实验方法是否正确,确保所用的样本符合要求。

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bamboopiggy

有帮助

可以先试一下,如果你要克隆全长,primer5设计出来的可以用,你blast可能是哪个参数没有设计好,才会blast不出来

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yuQZPBuser-title

之前克全长成功了,克出来了。现在克隆外显子不知道怎么回事就是不行,也是用的primer5。我是在ncbi上选取一个外显子及前后200bp的序列,然后设置上游引物在前200个bp,下游引物在后200个bp,为了包括住整个外显子。这样的操作有问题吗?

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