【求助】关于miRNA的引物设计5P臂3p臂的选择
丁香园论坛
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请教大家，如果想检测某种miRNA的表达，而miRNA本身有5p和3P两种成熟体，那我设计引物是需要针对两种成熟体都设计么？还是任意一个都可以呢？谢谢！！
现在我也有同样的困惑，不知您最后是怎么确定的？？？谢谢
自己设计有点难度，很容易就把pre-miRNA检测出来了，建议你购买一些公司里设计好的引物那样比较好操作结果可信些！他们的引物是分3p和5p的。
但是3p和5p选择哪一个怎么决定？
jmj_011 wrote:
但是3p和5p选择哪一个怎么决定？
个人觉得严谨的应该都检测下，只监测一个的话就测占主要地位的，看数据库中是否有对于两臂的标注，如果标注为3undefined，和5p，说明5p占主要，就检测5p
一般来说 都有1个站主导地位的，在miRBase中有显示，特别是测序结果中显示 那条比较多，多的就常见的哦miRNA
295546 wrote:
一般来说 都有1个站主导地位的，在miRBase中有显示，特别是测序结果中显示 那条比较多，多的就常见的哦miRNA
前辈，您最后是选的哪种？我也存在同样的困惑怎么选的
cunkaiw wrote:
前辈，您最后是选的哪种？我也存在同样的困惑怎么选的
参考文献结合数据库信息，一般还是挑占主体地位的吧
请问大侠怎么知道哪个占主体地位，二者均文献中出现过
@86964109 谢谢，我的miRNA 3P 5P没有标注，是不是要都做呢
@唐小呆 可以看下这个 http://www.dxy.cn/bbs/topic/27218810?keywords=mirna%20区分
里面提到 ‘以前的做法是：表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上号，如rno-miR-undefined。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。
而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。’
还是看看文献报道 哪个做的比较多吧
里面提到 ‘以前的做法是：表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上号，如rno-miR-undefined。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。
而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。’
还是看看文献报道 哪个做的比较多吧
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