1. 研究所用数据库不同
这个最easy了。研究什么就得用专门的数据库去搜啊。针对miRNA得用miRbase,针对lncRNA用Noncode,针对circRNA用circBase或者circRNABase。
2. 研究时命名规则不同
miRNA相对来讲,研究较多,也有一套广为人知的命名体系。一个系统命名包含三部分内容,即物种,microRNA类别,序号。三者间用短线连接。物种一般用三个小写字母表示,如hsa,mmu和rno分别代表人,小鼠和大鼠。MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示,mature miRNA用miR表示。序号为一阿拉伯数字,c先后。一般而言,数字越小,发现越早。
3. 研究物种选择需谨慎
miRNA一般物种保守性较好,就是说,在人和鼠上,都是同一个序列,可以做鼠的实验,来推测在人身上的功能。circRNA 的表达水平具有种属、组织、时间特异性,序列保守性比一般的线性lncRNA 高,和miRNA一样,可以用同一个序列去研究人和鼠。而lncRNA,物种的保守性就比较差一些了。
4. 研究方法选择不同
miRNA较短,稳定性好,不易被破坏。针对它的表达,可以选择Northern印迹法,微点阵分析和荧光定量PCR。lncRNA长度较长,做Northern印迹的难度较大,一般选用荧光定量PCR或者荧光原位杂交。circRNA和lncRNA一样,一般选用荧光定量PCR或者荧光原位杂交。
研究RNA时,常常需要进行过表达和沉默操作。miRNA 很小,转染操作较方便,过表达的时候可以用mimics(模拟物),沉默的时候可以用inhibitor(抑制物)。用质粒或者病毒都可以达到稳定转导的效果。但是,对于lncRNA和circRNA就不一样了。核定位的 lncRNA 如果用 RNAi 技术,可能效果是很差的,因为 RNAi主要在细胞浆发挥作用。替代的方式可以用 CRISPR 基因编辑技术,直接把lncRNA 的基因给knockout。这里需要注意的一点是,circRNA是环状RNA,虽然在研究手段和机制上面,大多和lncRNA相类似,已知的circRNA作用模式也和某些lncRNA一样,通过分子“海绵”的模式与miRNA结合来发挥作用的,但是它需要论证成环的问题。